O fim da Era Parmalat em dezembro de 2000 obrigou o Palmeiras a superar mais um árduo período de reconstrução política e administrativa, que estagnou as conquistas nos primeiros anos do Século XXI. Mesmo assim, apesar da grande reformulação no elenco, o Verdão chegou à semifinal da Libertadores em 2001 pelo terceiro ano consecutivo, fato inédito na história do clube.

Um ano depois, porém, em 2002, o Alviverde passou por um dos momentos mais difíceis de sua trajetória no futebol ao ser rebaixado para a segunda divisão do Campeonato Brasileiro. A boa notícia da temporada foi a permanência do goleiro Marcos, que havia acabado de ser pentacampeão mundial com a Seleção Brasileira meses antes.

Em 2003, a disputa da Série B do Nacional ficou marcada pela oportunidade concedida aos garotos das categorias de base, com destaque para o trio ofensivo formado por Diego Souza, Edmílson e Vagner Love, grandes protagonistas da campanha que culminou com o título da competição. No ano seguinte, ainda com os jovens talentos no grupo, a equipe realizou uma ótima campanha no retorno à elite do futebol brasileiro, terminando a Série A em quarto lugar e conquistando uma vaga na Libertadores de 2005.

Em 2006, quando o time também participou da Libertadores, o ídolo Edmundo e o então desconhecido meia chileno Jorge Valdivia reforçaram o elenco palmeirense, dando início a uma nova fase no Verdão, que fez uma boa temporada em 2007 e, enfim, obteve a consagração em 2008: depois de encarar um jejum de oito anos sem título, o Palmeiras trouxe de volta o treinador Vanderlei Luxemburgo, multicampeão pela equipe na década de 90, e levantou o seu 22º título paulista da história após a goleada por 5 a 0 sobre a Ponte Preta, no antigo Palestra Italia.

No ano seguinte, depois de liderar boa parte do Campeonato Brasileiro, o Alviverde deixou escapar nas últimas rodadas o que seria o seu nono troféu da competição. Já em 2010, um dos grandes nomes da história palestrina voltou ao comando do time: Luiz Felipe Scolari. A temporada também ficou marcada pela despedida do histórico Estádio Palestra Italia, iniciando o sonho da construção de uma moderna arena multiuso, que colocaria o clube de vez no novo século.